1979年の「機動戦士ガンダム」誕生から23年。記念すべき21世紀最初のガンダムとしてスタートするのが「機動戦士ガンダムSEED」。
宇宙はもとより、陸・海・空という壮大なスケールの戦場を舞台に、主人公の少年キラ・ヤマトとその親友アスラン・ザラたちが、知恵を駆使した戦いを繰り広げる。
DNA操作を絡めた地球連合軍“ナチュラル”とザフト軍“コーディネーター”の戦いの中に、「人間は人種や宗教の違いを超えて分かり合うことができるか！？」を描く。

地球連合 （ ナチュラル ）と ザフト （ コーディネイター ）が対立する中、 ザフト は 地球連合 初の MS 「 ガンダム 」を奪取する。ついに始まる ガンダム VS ガンダム の死闘。戦闘に巻き込まれた 学生 、 キラ・ヤマト は、 なりゆき で ガンダム の パイロット となり、かつての 親友 と戦うことになる…。

二人の 少年 が戦場で敵同士として再会した時、既に立場の違ってしまった二人は何を思うのか。戦うのか、相手を撃てるのか…。