82年から83年にかけて放送されたテレビシリーズ「超時空要塞マクロス」の劇場用長編作品。テレビ版のストーリーをベースに再構成したものだが、『宇宙戦艦ヤマト』や『機動戦士ガンダム』の劇場版とは異なり、全編完全にリニューアル。

西暦1999年、突如宇宙より飛来、地球に墜落した物体が異星人の宇宙戦艦らしきものであったことをきっかけに、地球統合政府が樹立されている西暦2009年が物語の出発点。

宇宙戦艦は人類によって修復され、地球統合軍の宇宙戦艦マクロスとして進宙式を迎えようとしていた。 進宙式の式典のさなか、月軌道上(?)に出現した異星人の宇宙船らしきものを、突如マクロスの主砲が自律的に稼動、撃破してしまう。 意図せず異星人との交戦状態に突入してしまったマクロスは、発進を余儀なくされる。

進宙式を見学にきていた主人公や、周辺の市街地市民など多くの民間人を巻き込むかたちで、何故か単発的な攻撃しか仕掛けてこない異星人と交戦しながらマクロスは宇宙を旅することになる。